Проведено исследование содержания общих липидов и фосфолипидов в тканях окуня Perca fluviatilis L. и ерша Gymnocephalus cernuus L. из двух акваторий Онежского озера (Петрозаводская губа и Повенецкий залив) с разной степенью антропогенного влияния. Анализ гидрохимических данных воды показал, что Петрозаводская губа по сравнению с Повенецким заливом более загрязнена: акватория Онежского озера в районе города Петрозаводска характеризуется более высоким содержанием (в 2-3 раза) биогенных элементов, нефтепродуктов в воде и донных отложениях. Выявлены различия в содержании практически всех исследованных липидных показателей в печени окуня и ерша из разных акваторий Онежского озера. Установлено более высокое содержание общих липидов в печени окуня и ерша из Петрозаводской губы, чем из Повенецкого залива, обусловленное возрастанием доли запасных липидов, накопление которых в печени свидетельствует о дисфункции гепатоцитов. Показано снижение содержания основных фосфолипидов (фосфатидилхолина и фосфатидилэтаноламина) в печени окуня и ерша из акватории Петрозаводского промузла. Обнаружены модификации некоторых липидных компонентов в жабрах рыб из Петрозаводской губы, что, вероятно, обусловлено формированием адаптивных механизмов осморегуляции в условиях повышенной концентрации органических элементов. На фоне различий в уровне липидных показателей практически для всех изученных тканей окуня и ерша из двух акваторий, сравнительно низкая чувствительность к антропогенному воздействию показана для мышечной ткани рыб. Сравнение межвидовых особенностей липидного статуса рыб из разных акваторий показало, что наиболее выраженные различия биохимических параметров установлены в тканях окуня.