C 2014 г. ИБ КарНЦ РАН являлся научной организацией, подведомственной Федеральному агентству научных организаций (ФАНО России), в соответствии с Федеральным законом от 27 сентября 2013 г. № 253-ФЗ «О Российской академии наук, реорганизации государственных академий наук и внесении изменений в отдельные законодательные акты Российской Федерации» и с распоряжением Правительства Российской Федерации от 30 декабря 2013г. № 2591-р.
04 декабря 2017 года ИБ КарНЦ РАН вошел в состав Федерального государственного бюджетного учреждения науки Карельского научного центра Российской академии наук. В конце 2017 года КарНЦ РАН был реорганизован в Федеральное государственное бюджетное учреждение науки Федеральный исследовательский центр "Карельский научный центр Российской академии наук", а ИБ КарНЦ РАН получил статус обособленного подразделения Федерального исследовательского центра "Карельский научный центр Российской академии наук" (Устав КарНЦ РАН от 08 декабря 2017 года № 938).
В 2018 году приказом КарНЦ РАН от 23 января 2018 г. № 22 утверждено Положение об Институте биологии - обособленном подразделении Федерального государственного бюджетного учреждения науки Федерального исследовательского центра "Карельский научный центр Российской академии наук".
Указом Президента РФ от 15 мая 2018 г. № 215 " О структуре федеральных органов исполнительной власти" ФАНО России было упразднено; его функции перешли к Министерству науки и высшего образования Российской Федерации (МИНОБРНАУКИ РОССИИ). К ведению этого Министерства были отнесены организации, ранее находившиеся в ведении упраздненного ФАНО России (распоряжение Правительства РФ от 30 мая 2018 г. № 1055). Приказом МИНОБРНАУКИ РОССИИ от 03 августа 2018 г. № 558 утвержден Устав Федерального государственного бюджетного учреждения науки Федерального исследовательского центра "Карельский научный центр Российской академии наук", в котором за МИНОБРНАУКИ РОССИИ закреплены функции и полномочия учредителя КарНЦ РАН.
Научно-методическое руководство Институтом осуществляет Отделение биологических наук РАН.
