Гербарий КарНЦ РАН как отдельное образование («Уникальная научная установка» (УНУ)») учрежден в 2017 г. Датой основания гербария, однако, следует считать 1934 год, когда сотрудники учрежденного в 1931 году государственного заповедника «Кивач», вошедшего в состав Карельского научно-исследовательского института (предшественника КарНЦ РАН), приступили к изучению растительного мира и коллекционированию растений и грибов на территории заповедника. После Второй мировой войны коллекция интенсивно прирастала усилиями преимущественно М. Л. Раменской и достигла объема около 26 тыс. листов, однако в связи с «ненужностью» в 1964 г. была передана в Петрозаводский государственный университет, где и хранится в настоящее время. В последующие десятилетия автономные коллекции формировались в Институте биологии, Институте водных проблем Севера и Институте леса, которые в начале XXI века были инкорпорированы, и с 2010 г. гербарий КарНЦ РАН значится в Index Herbariorum с акронимом PTZ. Площадь занимаемых гербарием двух помещений – около 70 кв. м. На настоящий момент в гербарии хранится более 65 тыс. образцов. Объем новых поступлений составляет 1-1,5 тыс. образцов в год. Основные сборы (около 85%) относятся к Карелии, приблизительно по 2,5 тыс. образцов собрано в смежных с Карелией регионах – Архангельской, Вологодской и Мурманской областях. В гербарии хранится базовая информация о флоре многих существующих и планируемых особо охраняемых природных территорий Карелии и смежных регионов. Типовой материал представлен изотипами Arctopoa petrovskyi Prob., Hedysarum sultanovae Lazkov и Viola× viatkensis Vl. V. Nikitin, топотипами Erigeron decoloratus H. Lindb., Draba cinerea Adams var. ladogensis H. Lindb. и Minuartia perdita Dvořáková.