Представлены первые сведения о почвенных нематодах хвойных лесных и степных биоценозов на территории Республики Алтай, позволившие установить связь различных характеристик сообществ нематод с особенностями растительности. Обнаружены нематоды 49 таксонов, принадлежащих к 31 семейству, 9 отрядам. Результаты исследования показали, что лиственничник имел высокое, а степные биоценозы – самое низкое таксономическое разнообразие нематод. Плотность популяций и биомасса почвенных нематод в лесных биоценозах имели сходные значения, значимо превышающие таковые в степных биоценозах. Выявлены различия эколого-трофической структуры сообществ нематод между биоценозами: в почве кедрача преобладали бактериотрофы и нематоды, ассоциированные с растениями, что в целом характерно для сосняков разных типов, в лиственничнике преобладали бактериотрофы, паразиты растений и микотрофы. Сообщества нематод степных почв заметно отличались от сообществ лесных биоценозов и имели специфические черты: неполночленную структуру с доминированием микотрофов и/или политрофов. Эколого-популяционные индексы (SI, EI), описывающие состояние трофических сетей на основе сообществ нематод, позволили оценить почвенные экосистемы исследованных лесных биоценозов как ненарушенные со сложными трофическими сетями и умеренным уровнем обогащения почв органикой. Степной биоценоз, образованный чием блестящим, напротив, характеризовался низкими значениями индексов SI и EI. Эти параметры указывают на упрощенную и нестабильную трофическую сеть и деградированную почвенную экосистему, испытывающую воздействие неблагоприятных факторов среды (климатических или антропогенных). По-видимому, полученный результат связан с экстремальными условиями степи Кош-Агачского района. Значения индекса преобладающего пути разложения органики в почве CI различались по типам биоценозов. В почве кедрача и лиственничника обнаружены низкие CI значения, свидетельствующие об активном участии бактерий в деструкции органики в почве. Такой тип деструкции не характерен для лесных биоценозов других природных зон (например, хвойных лесов Карелии), где главенствующее положение в разложении органики занимают почвенные грибы. В данном исследовании высокие CI значения наблюдались в степном биоценозе, что указывает на доминирование почвенных грибов в процессах деструкции органического вещества.