Представлены данные о генетическом разнообразии и дифференциации популяций красной полевки Myodes (Clethrionomys) rutilus ряда особо охраняемых природных территорий (ООПТ) Западной Сибири (Куноватский заказник, памятник природы «Ангальский мыс», заповедник «Малая Сосьва») и Камчатки (Корякский государственный заповедник). С применением четырех динуклеотидных микросателлитных праймеров выявлено 69 межмикросателлитных последовательностей (ISSR-маркеров). Среднее значение доли полиморфных локусов (Р) у M. rutilus составило 62 %, средняя гетерозиготность (h) – 0,23. Показатели полиморфизма варьировали в пределах: P = 33–80 %, h = 0,15–0,32 в популяциях Камчатки и P = 28–94 %, h = 0,10–0,36 – в Сибири. Средние показатели генетического полиморфизма не различались у полевок Западной Сибири и Камчатки. Уровень полиморфизма также не различался у полевок северных и южных районов Сибири, несмотря на значительную протяженность в широтном направлении и принадлежность исследованных районов к разным природно-климатическим подзонам от тундры до северной лесостепи. Не выявлено различий генетического разнообразия полевок, обитающих на антропогенно трансформированных и особо охраняемых природных территориях. Несмотря на отсутствие различий в показателях полиморфизма, между популяциями красной полевки Западной Сибири и Камчатки наблюдались различия по показателям генетической дифференциации. Генетическая дифференциация популяций полевок Камчатки была в два раза больше, поток генов – в три раза меньше, чем в Сибири. Это может быть связано с ландшафтными особенностями Камчатки, где миграции животных затруднены горами и геотермальными полями. Данные о генетическом разнообразии красной полевки могут быть использованы для мониторинга ООПТ северных регионов.